A obrigatoriedade da inclusão do frete na base de cálculo do Simples Nacional foi instituída pela Lei Complementar 123/2006 em seu artigo 3º § 1 e pela Resolução CGSN nº 140/2018, artigo 2º inciso II conforme descrito abaixo:

O valor devido mensalmente pela microempresa ou empresa de pequeno porte optante pelo Simples Nacional será determinado mediante aplicação das alíquotas efetivas, calculadas a partir das alíquotas nominais constantes das tabelas dos Anexos I a V desta Lei Complementar, sobre a base de cálculo de que trata o § 3o deste artigo, observado o disposto no § 15 do art. 3o.
Sobre a receita bruta auferida no mês incidirá a alíquota efetiva determinada na forma do caput e dos §§ 1o, 1o-A e 2o deste artigo, podendo tal incidência se dar, à opção do contribuinte, na forma regulamentada pelo Comitê Gestor, sobre a receita recebida no mês, sendo essa opção irretratável para todo o ano-calendário. (Redação dada pela Lei Complementar nº 155, de 2016).


Assim sendo, a base de cálculo do Simples Nacional é a receita bruta (RB) que compreende o produto da venda de bens e serviços nas operações de conta própria, o preço dos serviços prestados e o resultado nas operações em conta alheia, excluídas as vendas canceladas e os descontos incondicionais concedidos.

Portanto, para a pessoa jurídica do Simples Nacional não tem previsão para deduzir os valores que compõe o documento fiscal, desta forma, será tratado como receita bruta o valor total do documento fiscal, incluindo o valor do frete.

Existe também a Solução de Consulta  DISIT/SRRF07 Nº 64, DE 24/06/2013 publicada no DOU de 01/08/2013  que esclarece o assunto conforme abaixo:

A base de cálculo do Simples Nacional é sua receita bruta. Portanto se o frete está integrado ao valor que você cobra do cliente, ou seja, se o cliente paga para você o valor do frete, então ele compreende a receita bruta.

Compreende-se na receita bruta de venda nas operações de conta própria e, por conseguinte, na base de cálculo dos tributos a serem pagos por quem opta pelo Simples Nacional o custo do frete destacado nas notas fiscais de venda, ainda que ele seja objeto de mero repasse ao transportador da mercadoria vendida.